Tengo un script php que crea un archivo de secuencia de comandos de shell que finalmente se ejecuta como el www-datos de usuario, todos los comandos se ejecutan excepto la última, que implica un archivo binario. Si ejecuto el comando como root, funciona bien...

Esta es la última parte de la secuencia de comandos:

&& echo "Tokenizing the file........" >> Logs/table_of_contents.php \
&& perl ../common/Scripts/xmltokenize.pl --filename=xmlfiles/table_of_contents.xml >> Logs/table_of_contents.php \
&& perl ../common/Scripts/xmlrenumber.pl --filename=xmlfiles/table_of_contents.xml >> Logs/table_of_contents.php \
&& echo "Tagging the file........" >> Logs/table_of_contents.php \

# I have added this line to check if it helps but id doesn't
&& export HOME="/tmp/" \

# And this is the command that calls the binary file
&& perl tagfile.pl xmlfiles/table_of_contents.xml \

Aquí tienes el contenido de la tagfile.pl

use File::Find;
$\ = "\n";

$fn = shift;

if ( $fn =~ /([^\/\.]+)\.xml/ ) { $fileid = $1; } else { exit;};
print $fileid;

$cmd = "perl tagfl2/makevrt.pl 'xmlfiles/$fileid.xml' > 'tagtmp/$fileid.vrt'";
print $cmd;
print `$cmd`;

#ALL OF THE PREVIOUS WORKS
#THIS IS THE ONE THAT GIVES PERMISSION ERRORS 
# OF COURSE: "www-data:www-data tagtmp/" and "www-data:www-data $fileid.vrt = table_of_contents.vrt"
$cmd = "cut -f 1 tagtmp/'$fileid.vrt' | tagfl2/treetagger/bin/tree-tagger -no-unknown -token -lemma tagfl2/treetagger/lib/english.par  > 'tagtmp/$fileid.tagged'";
print $cmd;
`$cmd`;
$cmd = "perl tagfl2/mrg.pl 'tagtmp/$fileid.vrt' 'tagtmp/$fileid.tagged' > 'tagtmp/$fileid.mrg'";
print $cmd;
`$cmd`;
$cmd = "perl tagfl2/tagxml.pl 'tagtmp/$fileid.mrg' 'xmlfiles/$fileid.xml'";
print $cmd;
`$cmd`;

Aquí está el error:

sh: 1: tagfl2/treetagger/bin/tree-tagger: Permission denied

También, en caso de que:

chown -R www-data:www-data tagfl2/
chmod -R g+rwx tagfl2/